真相解明とは別の次元で問題になるのは、下村博文議員が文部科学大臣の職位にあった時期に、加計学園の秘書室長から現金を受領している事実である。暴露された日報には、加計学園秘書室長が何度も登場している。

下村議員は当時文部科学相の立場にあり、文部科学省原課への取次ぎをしたとされる。結果として、加計学園は岡山理科大学設置申請の件で、教育学部の認可を獲得している。

また、下村博文議員夫人である下村京子氏は2013年３月から広島加計学園教育審議員を務めており、また、安倍晋三夫人の安倍昭恵氏は加計学園傘下の御影インターナショナルこども園の名誉園長を務めている。安倍政権と加計学園の関係は、まさに「ズブズブ」であることが、外形的には明らかになっている。その加計学園の獣医学部新設が国家戦略特区諮問会議で決定されたことに大きな疑惑が生じている。

決定プロセスを見ると、首相官邸が強い働きかけをして、加計学園だけが獣医学部設置を認可されるように論議が進展したことが裏付けられている。諮問会議の竹中平蔵氏が「歪めたのは文部科学省だ」と叫んでみても、外形的な事実が竹中氏の強弁を完全に否定している。前川喜平前文部科学事務次官の説明の方が、はるかに説得力を有している。